1C_338/2023 26.09.2024
Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal
1C_338/2023
Arrêt du 26 septembre 2024
Ire Cour de droit public
Composition
MM. les Juges fédéraux Kneubühler, Président,
Chaix et Merz.
Greffier : M. Alvarez.
Participants à la procédure
O.________ SA,
représentée par Me David Ecoffey, avocat,
recourante,
contre
Chemins de fer fédéraux suisses CFF SA, Droit & Compliance, Infrastructure, RC-I-BAU, rue de la Gare de Triage 7, 1020 Renens VD,
intimés,
Office fédéral des transports, Mühlestrasse 6, 3063 Ittigen.
Objet
approbation de plans ferroviaires (nouvelle halte d'Avry et fermeture de deux points d'arrêt),
recours contre l'arrêt de la Cour I du Tribunal administratif fédéral du 24 mai 2023 (A-1348//2022).
Faits :
A.
Le 24 juillet 2018, les Chemins de fer fédéraux suisses CFF SA (ci-après: CFF) ont notamment soumis pour approbation à l'Office fédéral des transports OFT (ci-après: OFT) les plans portant sur le projet de nouvelle halte d'Avry et de fermeture des points d'arrêt de Rosé et de Matran.
Du 16 novembre au 17 décembre 2018, le projet a été mis à l'enquête dans les communes de Matran, Avry et Corminboeuf. Dix-huit oppositions ont été interjetées par des particuliers, des communes et diverses sociétés.
Par décision du 17 décembre 2019, l'OFT a approuvé les plans concernant la "nouvelle halte d'Avry-Matran et fermeture des points d'arrêt de Rosé et de Matran". L'office fédéral a rejeté la plupart des oppositions, en admettant néanmoins certaines partiellement. L'OFT a également assorti son approbation de nombreuses charges, réserves et recommandations.
B.
Le 3 février 2020, L.________, M.________ et la société O.________ SA (ci-après: L.________ et consorts) ont conjointement recouru contre cette décision au Tribunal administratif fédéral (ci-après: TAF).
Le 1er septembre 2021, le TAF a procédé à une inspection locale. Par arrêt A-646/2020 du 2 décembre 2021, il a déclaré irrecevable le recours de L.________ et consorts. Cet arrêt a été notifié le 15 décembre 2021. Dans l'intervalle, le 9 décembre 2021, les prénommés se sont spontanément déterminés, complétant leurs différents griefs. Le 8 mars 2022, le Tribunal fédéral a admis, pour violation du droit d'être entendu, le recours formé par L.________ et consorts; l'arrêt attaqué était annulé et la cause renvoyée au TAF pour qu'il statue à nouveau en tenant compte des déterminations spontanées du 9 décembre 2021 (cause 1C_72/2020).
Par arrêt du 24 mai 2023, après avoir repris l'instruction sous la référence A-1348/2022 et versé en cause les déterminations spontanées du 9 décembre 2021, le TAF a rejeté les recours de L.________ et M.________ dans la mesure de leur recevabilité. Il a par ailleurs déclaré irrecevable le recours de O.________ SA, lui niant la qualité pour recourir, jugeant en particulier qu'elle n'avait pas démontré être particulièrement touchée par l'approbation du projet ferroviaire litigieux; respectivement que sa parcelle 2455 du territoire communal d'Avry subirait des atteintes liées au projet.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, O.________ SA demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt attaqué et de renvoyer la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Subsidiairement, elle conclut à la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens que le recours au TAF est admis, la décision d'approbation du 17 décembre 2019 annulée et les frais des procédures A-646/2020 et A-1348/2022 mis à la charge des CFF; une équitable indemnité pour ses frais de défense lui est par ailleurs allouée à la charge des CFF. Elle requiert également l'octroi de l'effet suspensif et la suspension de la procédure jusqu'à droit connu sur la procédure d'approbation visant la révision générale et partielle du plan d'aménagement local (ci-après: PAL) de la Commune d'Avry (planification confirmée par arrêts de ce jour (dans les causes 1C_604/2022, 1C_620/2022 et 1C_621/2022), requêtes rejetées par ordonnances du 4 août 2023; la demande de révision de cette ordonnance déposée par la recourante a pour sa part été rejetée le 11 janvier 2024.
Le TAF se réfère intégralement à son arrêt et n'a pas d'autres observations à formuler. Sans prendre de conclusions formelles, l'OFT estime que la majorité des arguments de la recourante relèvent de l'action populaire; l'office fédéral se détermine également sur le fond. Les CFF concluent principalement à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet, dans la mesure de sa recevabilité. La recourante réplique et persiste dans ses conclusions. Le 21 décembre 2023, les CFF se sont nouvellement déterminés confirmant leur position. Par acte du 9 janvier 2024, l'OFT précise ses conclusions, demandant principalement l'irrecevabilité du recours, subsidiairement son rejet dans la mesure de sa recevabilité. La recourante s'est encore exprimée le 19 février 2024.
Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (art. 29 al. 1 LTF) et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 145 I 239 consid. 2).
1.1. Le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) qui, en tant qu'elle concerne la société recourante, s'analyse comme un arrêt d'irrecevabilité; la décision attaquée émane du Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. a LTF) et a été rendue dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF), si bien que le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF, aucune exception de l'art. 83 LTF n'étant réalisée.
1.2. En vertu de l'art. 42 al. 1 LTF, les mémoires de recours doivent être motivés. Conformément à l'art. 42 al. 2 LTF, les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Pour satisfaire à cette exigence, il appartient à la partie recourante de discuter au moins brièvement les considérants de la décision litigieuse et d'expliquer en quoi ceux-ci seraient contraires au droit (ATF 142 I 99 consid. 1.7.1). En particulier, la motivation doit se rapporter à l'objet du litige tel qu'il est circonscrit par la décision querellée (ATF 133 IV 119 consid. 6.4). Lorsque le recours est, comme en l'espèce, dirigé contre une décision d'irrecevabilité, les motifs développés dans le mémoire de recours doivent porter sur la question de la recevabilité traitée par l'instance précédente, à l'exclusion du fond du litige (ATF 123 V 335 consid. 1b; arrêt 1C_461/2024 du 13 août 2024 consid. 2).
En l'espèce, les conclusions subsidiaires prises en annulation de la décision d'approbation des plans ferroviaires du 17 décembre 2019, de même que les critiques de fond s'y rapportant sont pour ce motif irrecevables. Il est vrai que le TAF a examiné les griefs matériels de la recourante, celle-ci ayant alors agi, au travers d'un mémoire commun, aux côtés de deux consorts, dont les recours ont été jugés recevables, puis rejetés. Savoir si, pour ce motif, la recourante est, comme elle le prétend, légitimée à discuter céans ces griefs de fond, pour le cas où le Tribunal fédéral devait reconnaître sa qualité pour recourir, peut toutefois demeurer indécise, la légitimation active lui ayant à juste titre, et pour les motifs qui suivent, été déniée par l'instance précédente.
1.3. La recourante a au surplus pris part à la procédure devant l'instance précédente. Elle est particulièrement atteinte par l'arrêt attaqué, qui lui dénie la qualité pour recourir et déclare, pour ce motif, irrecevable son recours au TAF; elle l'est également dans la mesure où l'arrêt attaqué met à sa charge des frais judiciaires qu'elle conteste. Elle bénéficie par conséquent de la qualité pour former un recours en matière de droit public au sens de l'art. 89 al. 1 LTF. Les autres conditions de recevabilité étant au surplus réunies, il convient d'entrer en matière sur ces deux problématiques.
2.
Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. Selon l'art. 97 al. 1 LTF, la partie recourante ne peut critiquer la constatation de faits qui importent pour le jugement de la cause que si ceux-ci ont été établis en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, ce qu'il lui appartient de démontrer par une argumentation répondant aux exigences de l'art. 42 al. 2 LTF, respectivement de l'art. 106 al. 2 LTF. Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (cf. ATF 147 IV 73 consid. 4.1.2; 145 I 26 consid. 1.3; 142 III 364 consid. 2.4; 139 II 404 consid. 10.1).
Dans une première partie de son mémoire, que la recourante intitule "Bref rappel des faits pertinents", celle-ci présente sur plus de 15 pages sa propre version des faits. Dans la mesure où les faits exposés s'écartent des constatations du TAF sans qu'il ne soit prétendu, encore moins démontré, que ces dernières seraient arbitraires, cette présentation est irrecevable. La Cour de céans relève en outre que nombre des allégations de la recourante portent sur le fond de la cause, ou encore sur la conformité du PAL ou du PAD Avry-Centre, et non sur la recevabilité du recours au TAF à laquelle se limite l'objet du litige; sous cet angle également, l'argumentation est irrecevable. Il en va enfin de même des nombreux renvois généraux opérés par la recourante à ses écritures précédentes ou déposées devant différentes autorités cantonales en lien avec le secteur d'Avry-Centre et "sensée[s] être ici intégralement reproduite[s]": il n'appartient pas au Tribunal fédéral de rechercher dans les volumineuses écritures déposées devant les autorités précédentes les éléments de faits pertinents en lien avec la présente cause (cf. art. 106 al. 2 LTF).
Le Tribunal fédéral s'en tiendra partant aux faits établis par l'instance précédente.
3.
La recourante se plaint d'une violation de l'art. 48 de la loi fédérale sur la procédure administrative du 20 décembre 1958 (PA; RS 172.031) ainsi que d'un déni de justice (art. 29 al. 1 Cst.); elle reproche en particulier à l'instance précédente d'avoir nié sa qualité pour recourir.
3.1. Selon l'art. 48 al. 1 PA, applicable à la procédure devant le Tribunal administratif fédéral (art. 37 de la loi sur le Tribunal administratif fédéral du 17 juin 2005 [LTAF; RS 173.32]), a qualité pour recourir quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité inférieure ou a été privé de la possibilité de le faire (let. a), est spécialement atteint par la décision attaquée (let. b), et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (let. c). Cette disposition, qui correspond à l'art. 89 al. 1 LTF, doit être interprétée de la même manière (cf. ATF 139 III 504 consid. 3.3; 139 II 328 consid. 3.2 et les arrêts cités; 139 II 279 consid. 2.2). Selon la jurisprudence rendue à propos de l'art. 89 al. 1 LTF, l'intérêt digne de protection consiste dans l'utilité pratique que l'admission du recours apporterait à la partie recourante en lui évitant de subir un préjudice de nature économique, idéale, matérielle ou autre que la décision attaquée lui occasionnerait. Il implique que la partie recourante soit touchée de manière directe, concrète et dans une mesure et avec une intensité plus grandes que la généralité des administrés, de manière à exclure l'action populaire (cf. ATF 144 I 43 consid. 2.1; 139 II 499 consid. 2.2; 137 II 30 consid. 2.2.3). L'intérêt invoqué, qui peut être un intérêt de fait, doit se trouver dans un rapport étroit, spécial et digne d'être pris en considération avec l'objet de la contestation (ATF 142 I 135 consid. 1.3.1; 137 II 40 consid. 2.3 et les arrêts cités). S'agissant de droit fédéral, le Tribunal fédéral examine cette question librement (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF).
3.2. En application de l'art. 18f al. 1 de la loi fédérale sur les chemins de fer du 20 décembre 1957 (LCdF; RS 742.101), le TAF a jugé tardives les critiques soulevées par la recourante, en cours de procédure, lors de l'inspection locale, en lien avec la sécurité des voyageurs, en particulier les élèves du cycle d'orientation (CO), et la conformité du projet à la loi fédérale sur l'égalité pour les handicapés du 13 décembre 2002 (LHand; RS 151.3), ces aspects ne ressortant pas de son opposition (à ce propos, cf. ATF 133 II 30 consid. 2.2, 2.4 et 3). Le TAF a de surcroît relevé que ces éléments n'étaient en tout état pas de nature à légitimer la recourante à agir: celle-ci n'ayant pas démontré être personnellement touchée par les problématiques soulevées, ses griefs relevaient de l'action populaire. La recourante ne le discute du reste pas en lien avec son grief de violation de l'art. 48 PA, ni ne prétend être personnellement et directement atteinte par ces questions. En revanche, s'agissant des griefs portant sur la prétendue augmentation du trafic routier entraînée par la création de la nouvelle halte CFF, le TAF a retenu que cet aspect ressortait à tout le moins indirectement de l'opposition. Le tribunal a cependant nié que la recourante puisse s'en prévaloir pour fonder sa qualité pour agir. Le tribunal a retenu qu'au regard de la situation géographique du bien-fonds de la recourante, éloigné du projet et séparé de celui-ci par des obstacles naturels, il ne subissait pas une augmentation sensible des nuisances liées à une éventuelle augmentation du trafic générée par le projet ferroviaire litigieux; de même, le projet ne modifiait pas sensiblement les possibilités d'exploitation agricole de cette parcelle, celle-ci n'étant au demeurant pas cultivée. La recourante n'apparaissait en définitive pas particulièrement touchée par une éventuelle augmentation du trafic routier induit par la nouvelle halte CFF.
3.3. La recourante affirme pour sa part que le projet litigieux, qui entraîne la fermeture des points d'arrêts de Rosé et Matran et la création d'une nouvelle halte CFF en bordure du secteur d'Avry-Centre, "réorienter[ait] tout le développement urbanistique de la région à [son] détriment"; il serait, à la suivre, évident que cela créera "une centralité à cet endroit [...] et entretien[dra] une très forte interdépendance avec le projet du futur «Avry-Centre»". Le secteur d'Avry-Centre serait ainsi destiné à devenir le nouveau centre de l'urbanisation de la commune. Elle appuie son propos sur la description des mutations qu'entraîneront selon elle les révisions du PAL et du PAD Avry-Centre et affirme que le TAF aurait dû requérir les dossiers concernant ces planifications pour juger de sa qualité pour agir; elle se prévaut en particulier d'une augmentation de trafic liée au projet, qui ne pourrait selon elle être déterminée qu'à la lumière du dossier relatif au PAD Avry-Centre; de même, les nuisances entraînées par le projet ne seraient pas documentées, si bien que le TAF ne pouvait exclure une augmentation sensible de celles-ci et nier pour ce motif sa qualité pour recourir.
3.3.1. Il ressort des constatations non discutées du TAF, qui s'est rendu sur place, que la parcelle 2455 de la recourante se trouve entre 660 et 670 m d'altitude, alors que la halte litigieuse est située légèrement en contrebas entre 650 et 660 m. Le bien-fonds n'offre pas de vue directe sur l'emplacement de la future halte ou sur ses principales voies d'accès. Les lieux sont séparés par une légère colline sur laquelle se trouvent plusieurs habitations et qui culmine à 682 m au carrefour de la route ppp et de l'Impasse qqq, puis par le secteur d'Avry-Centre en contrebas sur lequel se trouvent notamment déjà un centre commercial, un supermarché, plusieurs échoppes, une station-service et des restaurants. Il ressort en outre des plans au dossier qu'une distance de plus de 800 m sépare la parcelle du site d'implantation de la nouvelle halte. Si l'éloignement géographique ne constitue pas le seul critère défini par la jurisprudence, il n'en demeure pas moins qu'au regard de la distance importante séparant la parcelle de la recourante du projet et de la configuration des lieux, il n'apparaît pas que cette dernière serait atteinte par d'éventuelles nuisances émanant de la halte litigieuse. Le secteur d'Avry-Centre accueille du reste une ligne du réseau ferré depuis 1862 et le trafic ferroviaire y est actuellement déjà intense. Or la recourante ne prétend pas que sur le plan ferroviaire la fermeture des points d'arrêt de Rosé et de Matran et l'ouverture de la nouvelle halte entraîneraient un accroissement de ce trafic ou des nuisances liées à celui-ci susceptible d'affecter son bien-fonds; en particulier ne se prévaut-elle pas de vibrations causées par le ralentissement et l'accélération des locomotives, de courants vagabonds ou encore de perturbations électrochimiques ou électromagnétiques. On ne discerne ainsi pas sous cet angle que la recourante bénéficierait d'un intérêt pratique à la modification ou à l'annulation du projet qui se distinguerait de l'action populaire (cf. arrêt 1C_611/2017 du 13 novembre 2018 consid. 2.2 et les nombreux arrêts cités; en particulier ATF 111 Ib 159 consid. 1b où la qualité pour recourir a été déniée à un voisin distant de 800 m).
3.3.2. La recourante se prévaut pour l'essentiel d'une prétendue augmentation du trafic routier entraînée par la réalisation du projet - et des nuisances en découlant - pour fonder sa qualité pour agir. La parcelle 2455 est accessible depuis l'autoroute N12 par la sortie "Matran", puis en reprenant la route cantonale 2110 jusqu'au giratoire d'Avry-sur-Matran qui croise la route cantonale 2100 "Fribourg / Prez / Payerne / Estavayer-le-Lac" Il faut ensuite poursuivre sur la route des ppp pour entrer dans le village d'Avry-sur-Matran, continuer la route de rrr, puis bifurquer sur la rue xxx. Selon les constatations cantonales, cette dernière rue ne dessert que les parcelles - dont celle de la recourante - adjacentes aux trois voies sans issue qui la composent. Ainsi, il apparaît non seulement que la parcelle de la recourante se trouve éloignée de l'axe principal que constituent les routes cantonales 2100 et 2110, mais également sur une route sans issue sur laquelle seuls circulent les riverains de la rue xxx. Il n'apparaît du reste pas manifeste qu'une augmentation de la charge sur cet axe principal augmenterait le trafic aux abords de sa parcelle. On cherche par ailleurs en vain dans les explications de la recourante un indice permettant de conclure que le remplacement de deux arrêts de train par une halte unique entraînerait une augmentation du trafic routier perceptible jusqu'aux abords de sa parcelle située à plus de 800 m, au bout d'un accès riverain. La recourante cantonne en effet son argumentation aux effets du PAD Avry-Centre sur le secteur concerné. Or, ne lui en déplaise, la cause au fond ne porte pas sur le PAD Avry-centre, qui fait l'objet d'une procédure distincte, actuellement suspendue, mais sur l'approbation des plans d'une installation ferroviaire, si bien qu'il n'y a pas lieu de s'y attarder. La Cour de céans relève toutefois que la limite du secteur d'Avry-Centre la plus proche de la parcelle 2455 s'en trouve éloignée de plus 400 m (à ce propos, voir arrêt rendu ce jour dans la cause 1C_604/2022) et que les explications de la recourante en lien avec la recevabilité de son recours au TAF ne convainquent nullement qu'il pourrait en résulter des nuisances perceptibles au niveau de sa parcelle au point de fonder sa qualité pour agir.
3.3.3. Si ces différents éléments suffisent en définitive pour dénier à la recourante sa qualité pour agir devant le TAF, il convient cependant encore de relativiser les nuisances prétendues dont celle-ci se prévaut. En effet, outre la configuration des lieux et l'éloignement de la parcelle, celle-ci est destinée à demeurer non bâtie selon la révision du PAL communal, confirmée par le Tribunal fédéral par arrêts de ce jour (cf. arrêts 1C_604/2022; 1C_620/2022 et 1C_621/2022); la parcelle 2455 est par ailleurs traversée par un espace réservé aux eaux (ERE) au sens de la loi fédérale sur la protection des eaux du 24 janvier 1991 (LEaux; RS 814.20), réduisant d'autant les possibilités de construire (cf. art. 41c de l'ordonnance sur la protection des eaux du 28 octobre 1998 [OEaux; RS 814.201]). Or, en particulier en matière de protection contre le bruit dont se prévaut essentiellement la recourante, les exigences sont moins élevées s'agissant de parcelles agricoles non bâties qu'en zone d'habitations (cf. art. 43 de l'ordonnance sur la protection contre le bruit du 15 décembre 1986 [OPB; RS814.41]).
3.4. C'est dès lors à bon droit que le TAF a jugé irrecevable pour défaut de qualité pour agir le pourvoi formé devant lui par la recourante; le recours en matière de droit public doit sur ce point être rejeté, sans qu'il soit nécessaire d'examiner les griefs en lien avec la conformité de la halte litigieuse soulevés dans la suite du mémoire: qu'il s'agisse des violations du droit d'être entendu ou des griefs matériels à proprement parler, ceux-ci portent exclusivement sur le fond de la cause et doivent, pour ce motif, être déclarés irrecevables (cf. consid. 1.2 ci-dessus; arrêt 1C_461/2024 du 13 août 2024 consid. 2). Au surplus, en lien avec son grief de violation de l'art. 48 PA, la recourante ne prétend pas que son argumentation de fond renfermerait des éléments pertinents pour connaître de la question de sa qualité pour recourir, éléments qu'il n'appartient pas au Tribunal fédéral d'extraire d'office de l'argumentation prolixe présentée dans le recours (cf. art. 42 al. 6 LTF; arrêts 2C_137/2024 du 20 mars 2024 consid. 4.2; 1C_276/2022 du 20 mai 2022 consid. 3; 1C_336/2017 du 31 janvier 2018 consid. 3). Il s'ensuit que l'appréciation de l'instance précédente ne consacre pas non plus un déni de justice ni une violation de la garantie d'accès au juge ou encore des garanties de procédure judiciaire; ces garanties ne s'opposent en effet pas aux conditions habituelles de recevabilité du recours (cf. ATF 143 I 344 consid. 8.2; cf. également ATF 141 I 172 consid. 4.4; arrêts 1B_490/2020 du 9 décembre 2020 consid. 2.4; 1C_515/2020 du 10 février 2021 consid. 3.1 et 3.2), observées en l'espèce.
Le grief est rejeté.
4.
La recourante fait enfin valoir une violation de l'art. 13 PA et du règlement concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le TAF du 21 février 2008 (FITAF; RS 173.320.2). Elle fait en particulier grief à l'instance précédente de lui avoir reproché de ne pas s'être conformée à son devoir de collaborer et d'avoir, pour ce motif, augmenté les frais judiciaires mis à sa charge.
4.1.
4.1.1. Aux termes de l'art. 13 al. 1 let. a PA, les parties sont tenues de collaborer à la constatation des faits dans une procédure qu'elles introduisent elles-mêmes. Quant à l'art. 52 al. 1 2 ème phrase PA, il commande au recourant de joindre à son mémoire de recours l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
4.1.2. Selon l'art. 3 let. b FITAF, dans les contestations non pécuniaires qui, comme en l'espèce, ne sont pas tranchées par un juge unique, le montant de l'émolument se situe entre 200 et 5000 fr. L'émolument juridique est calculé en fonction de la valeur litigieuse, de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la façon de procéder des parties et de leur situation financière (art. 2 al. 1 1ère phrase FITAF). Le tribunal peut fixer un émolument judiciaire dépassant les montants maximaux visés notamment à l'art. 3 FITAF, si des motifs particuliers le justifient, notamment une procédure téméraire ou nécessitant un travail exceptionnel (cf. art. 2 al. 2 FITAF).
4.2. Selon le dispositif de l'arrêt attaqué du 24 mai 2023, les frais de justice ont été arrêtés à 4'500 fr. Ce montant a été réparti à hauteur de 1'500 fr. à la charge de la recourante et de ses deux co-recourants; le solde était réparti entre les autres parties recourantes également concernées par cette procédure. Le TAF a cependant encore condamné la recourante et ses deux co-recourants à des frais supplémentaires à raison de 1'500 fr., au motif qu'ils ne s'étaient pas conformés à leur devoir de collaboration.
À comprendre les récriminations de la recourante, celles-ci ne portent que sur l'émolument complémentaire de 1'500 fr. arrêté pour les mesures d'instruction supplémentaires opérées par le TAF après le renvoi de la cause. La recourante ne conteste pas sérieusement que les documents requis se trouvaient en ses mains. Elle affirme, sans réelle explication toutefois, qu'il ne lui appartenait pas de les produire; et si le TAF estimait qu'il en allait autrement, celui-ci aurait dû, en application du principe de la bonne foi, lui accorder un délai supplémentaire pour procéder. On ne discerne cependant pas en quoi le principe de la bonne foi aurait en l'occurrence été violé; le recours ne fournit aucune explication convaincante à ce propos (cf. art. 106 al. 2 LTF). On peut du reste se demander si l'argumentation de la recourante ne revient en définitive pas à reprocher au TAF d'avoir diligemment procédé aux mesures d'instructions qu'elle avait elle-même requises. Quoi qu'il en soit, on ne décèle pas que le TAF aurait violé les art. 13 et 52 PA, en retenant que la recourante ne se serait pas conformée à son devoir de collaboration en insistant pour qu'il soit procédé à des mesures d'instruction portant sur des éléments déjà en sa possession, qui aurait au demeurant même déjà pu être produit à l'appui de son premier recours. C'est par ailleurs également à tort que la recourante affirme que l'instance précédente aurait limité son instruction à la seule question de la qualité pour agir: il ressort du dossier que le TAF a recherché lui-même les informations et documents nécessaires auprès de différentes autorités cantonales, qu'il a procédé à des recherches extensives sur la situation des parcelles des co-recourants, sur lesquelles il s'est de surcroît rendu, de même que sur le site du projet litigieux, cela pour pouvoir répondre aux longues critiques de fond émises par la recourante et ses deux consorts. C'est enfin également en vain que la recourante assène que le TAF témoignerait d'inimité à son endroit en sous-entendant que cet émolument complémentaire aurait pu être mis directement à la charge de son mandataire, pour ne pas s'être conformé au devoir de collaboration des parties. On ne comprend en effet pas ce que la recourante entend déduire de cette assertion, en particulier ne soulève-t-elle pas de motif de récusation, se contentant de se demander si la présidente du collège du TAF n'aurait pas dû se récuser, ce qui n'est pas suffisant (cf. art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF).
4.3. Dans ces conditions, au regard de la nature de l'affaire et des mesures supplémentaires entreprises à la suite du renvoi du dossier, on ne discerne pas que le TAF aurait excédé le pouvoir d'appréciation que lui confère l'art. 2 FITAF en condamnant la recourante et ses co-recourants à un émolument supplémentaire de 1'500 fr., portant l'émolument total à leur charge à 3'000 fr.
Le grief est rejeté.
5.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité, aux frais de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Exerçant une tâche de droit public, les CFF n'ont pas droit à des dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais de justice, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à l'Office fédéral des transports ainsi qu'à la Cour I du Tribunal administratif fédéral.
Lausanne, le 26 septembre 2024
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Kneubühler
Le Greffier : Alvarez